-The apocalypse dark-Prologue-

未緒率いる黒翼は、ハルファに起っている異変、各リージョンに発生する謎の次元干渉波に気付き秘密裏に調査をしていた。
ある日、次元の亀裂、クラックを確認し未緒はいち早くこれの対処に当たった、クラックの発生場所に急行すると次元を裂き今まさに
こちら側に侵入しようとしている影が現れようとしている、そうコチラ側に干渉しようとしていたのは…アーテリス鏡像第13世界ヴォイドの妖異だった。
未緒はそれを処理しようとクラックごと切り裂き発生の元凶を断つ為クラック内へ単身侵入をした…そこはやはりヴォイドだった。
未緒の侵入に気付きヴォイドの妖異たちはざわめく、それを処理しようと数多の妖異が未緒を襲う…いくら倒してもヴォイドとは死が存在しない世界…倒しても蘇り襲いくる妖異
徐々に未緒は追い込まれていく…未緒は命からがら断絶(次元空間転移)を幾度と繰り返しヴォイドからの脱出を試みる幾度かの断絶の折に見慣れない屋敷の屋根に降り立つ
ヴォイドから命からがらに脱出を果たしたのだった…。断絶を繰り返した未緒は異世界はたどり着いたのだった、降り立った地は倉上邸、倉上領の領主、倉上廉治郎が住まう屋敷だった。
左腕は欠損、身体自体の損傷も激しく未緒は倉上廉治郎の介抱を受ける。通常ならば龍の力、超再生能力が働き治るはずだが…
そして医者と呼ばれた男渡辺圭一に診せると腕には呪印が施されており妖異が仕込まれていた。
妖異が欠損部から出現すると同時に修復が開始され未緒は意識を失う、出現した妖異は倉上の手によって処理された。これで一件落着と思えたが…魔力を回復する過程でとある発作が起きロリ化してしまう
倉上邸で過ごすこと1週間、一向に消費した魔力が戻らず再び渡辺に診てもらうことになる。案の定、魔力溜まりと呼ばれてあらゆる力が溜まる場所丹田に妖異が巣食っていた。
渡辺が払おうとした妖異はそのま未緒の体を乗っ取り再び戦闘へ、激闘の末、廉治郎は未緒からこれを引き剥がし封印することに成功した。未緒の回復を待ち廉治郎は未緒を連れ封印した妖異の元へ
妖異は「パスハツナガッテイル、マーキング、アノオカタ」と意味深な言葉を残すのみで話すつもりはなく尋問は終了した。未緒は裏にいるものがヤツであること予測をし発言を試みるが□□□となり初めて認識阻害を
受けていることに気づくやはり裏でヤツが動いていると確信した。倉上邸に未緒が訪れ1ヶ月が経とうとした頃、懸念は残るも未緒は戻る決心をし廉治郎、式神の装丁とともにハルファへ向かうため道をひらく
道を進み降り立った先は…ここであの妖異が言っていたマーキングの意味を初めて知ることとなる。赤黒い月が怪しく輝く真っ暗闇の世界…ヴォイドであった。突如月は陰りを見せる…その陰りは雲ではなく未緒のエーテルを感知し集まった数千は超える妖異の軍勢であった。闇の世界ここでは妖異を倒しても還ることなく倒した妖異は幾度となく蘇る死の存在しない世界。未緒、廉治郎、装丁はこれに苦戦し死闘を繰り広げ撤退を選択せざる負えない状況に追い込まれる、
〝マーキング〟の懸念があるものの一か八かに掛け断絶を試み廉治郎、装丁とともに脱出を試みた、空間を裂き飛んだ先は…倉上邸の蔵の中だった闇の世界(ヴォイド)から脱出したのだった。
そしてマーキングとは未緒が最初にヴォイドに降り立った際に妖異達に魔力を食われ未緒の魔力が要に捧げられそれが印となりヴォイドと未緒を引き付ける要因となっていたのだった。
これを打開するために、未緒の母親、緋ノ神真夜の協力を仰ぐこと提案し、動けない未緒に代わり廉治郎が真夜の元へ赴く、真夜、廉治郎は要を破壊するためにヴォイドへと赴くのだった。
闇の世界に降り立った二人、以前とは違い静寂の闇の世界だった…敵の罠か誘われるように歩を進め要を発見し破壊しようと近づこうとすると嘲笑が聞こえそこにはヤツが居た真夜は名を叫ぶが□□□と認識阻害を施され呼べない
真夜は□□□もろとも要を破壊するために力を振るう要は無事破壊し囚われていた未緒の魔力は開放される。□□□無傷は嘲笑うように真夜に視線を送るすると、真夜が倒れ、窮地に追い込まれる、
□□□は倒れた真夜、廉次郎に目も向けず指を鳴らし消える、すると妖異が突如現れ二人の前に現れる。ヴォイドから撤退をするため、真夜は肉体を手放し元の武器へと変わり己を廉治郎に握らせ断絶をさせ空間を飛び倉上邸へ帰還したのだった。
帰還した真夜、廉治郎は未緒に要の破壊のことを告げる。真夜は未緒に肉体を生成してもらい一人先にハルファへ、未緒は図々しくも1ヶ月身の回りの世話をしていた装丁との別れを拒み装丁を連れていきたいと廉治郎に頼み込み
廉治郎はこれを了承した。廉治郎、装丁ことそうちゃんと未緒はハルファ黒翼へと帰還した。
やはり1ヶ月の不在は痛手そのものであった、廉治郎、装丁を連れSchwarz Fluegel艦橋へ赴き、現状を把握すると1ヶ月前と比べ2倍ほどの次元干渉が起こっていて、
クラックからゲート化しもう既にハルファ側へ侵入を許してしまっているという、不在の間、アンジェラを筆頭にこれの駆逐、対処に当たっていたが、人員不足が災いし既に被害は出つつあるという。
廉治郎は自分の世界の情勢も事もあるため帰還した。未緒は1ヶ月分の遅れを取り戻すため一番大きなゲート北エアリオアルト・ラニ高原のヴォイドゲートの処理へと向かったのだった。
アルト・ラニ高原へ降り立った未緒、装丁はゲート付近に鎮座している赤黒い靄の出ているドールズらしき影を発見する。エアリオリージョンには存在し得ないフォートレス種
こちらに気付き雄叫びを上げ数多のミサイルを発射する赤黒き靄のフォートレス種、通常のドールズであれば苦戦もなく終わる事ができるのだが、未緒、装丁はこれに苦戦を強いられる。
予想できないフォートレス種の動きに対応できず未緒はとうとうフォートレス種のレーザーに撃ち抜かれてしまう。これがただのレーザーであれば再生能力により治るのだがこのレーザは強力な毒であった。
装丁と共に毒に侵されつつも、未緒は力を使いこれを撃破しゲートを閉じることに成功するが毒によって侵され倒れてしまう。
Schwarz Fluegelへ運ばれた未緒は医療棟に運ばれるも専門的な医療は少なく対処に難航していた。メディカルセンターにある救命救急センター（ER）のセンター長が捕獲隊に所属していることを調べ
筆頭メイド長の真田はミドリを尋ねるため捕獲帯がよく集まるという場所へ赴くと、ミドリとウタウのクローンを発見し二人をSchwarz Fluegelの医療棟へ案内し診療を依頼しERへと未緒を護送する。
未緒を解毒するためには同じ毒を持った種の毒のサンプルが必要だとこの毒を手に入れるために真田からの依頼を受けた在屠、黒翼のアンジェラはこの毒をもった固体を探し各地のゲートを処理し回る
そして…。